Les travaux du thème 3 se focalisent sur les effets des nanomatériaux sur les écosystèmes. Des outils spécifiques sont développés pour évaluer les effets précoces sur les écosystèmes à partir de nouveaux bio-marqueurs.
De plus les impacts sur des écosystèmes aquatiques et terrestres sont évalués à partir de dispositifs depuis le micro jusqu’au mésocosme. Les mésocosmes développés par CEINT sont des installations servant de référence.